Expandir os benefícios do saneamento básico a todas as áreas do município é uma das principais metas do governo de Indaiatuba. Atualmente, 98,6% da população é atendida com água potável (área urbana), 96,23% com coleta de esgoto, dos quais 85,97% é tratado. Nas últimas três décadas, a Prefeitura, através do SAAE, implantou emissários de esgotos nas duas margens do Córrego do Barnabé, eliminando o despejo do esgoto, que ocorria desde a origem de Indaiatuba.

Em junho de 2010, inaugurou a Estação de Tratamento de Esgoto – ETE Mário Araldo Candello, no Distrito Industrial Vitoria Martini, com vazão de 1000 litros por segundo, foi projetada para ter capacidade para tratar 100% do esgoto de Indaiatuba: um investimento de cerca de R$ 40 milhões de reais. Duas outras ETEs tratam o esgoto da cidade: a ETE São Lourenço, no Bairro Tombadouro e a ETE Itaici.

Uma nova obra importante, para ampliar o saneamento básico na cidade foi executada pela municipalidade.  Trata-se do interceptor de esgoto da margem direita do Rio Jundiaí, com 15 km, cuja primeira fase, de 6,5 km, foi inaugurada em julho de 2011 e as fases 2 e 3 foram concluídas no final de 2016. O novo interceptor conduz todo o efluente gerado em sua extensão para a ETE Mário Araldo Candello.

Da Caixa de Chegada, o esgoto é enviado ao Gradeamento Grosseiro, onde os sólidos até 30 milímetros são retidos, seguindo em direção à Estação Elevatória de Esgoto Bruto, de onde é recalcado para o tratamento preliminar, para retenção de sólidos até 6 milímetros (Gradeamento Fino).

Para medir a vazão de entrada, o esgoto passa pela Calha Parshall, que o conduz aos Desarenadores, onde a areia e demais materiais sedimentáveis são retirados.

O tratamento biológico tem início quando o esgoto é então despejado em Duas Lagoas de Lodo Ativado, medindo, cada uma, 171 metros de comprimento por 67 metros de largura e até seis metros de profundidade.

As lagoas estão dotadas, no fundo e nas laterais, de 24 linhas de difusão de ar atmosférico e difusores de bolhas finas que irão possibilitar a multiplicação das bactérias que se alimentam da matéria orgânica existente no esgoto e que utilizam oxigênio no processo metabólico.

Esse método permite alternar zonas oxigenadas e zonas sem oxigênio, reduzindo o consumo de energia elétrica, tornando o tratamento mais econômico, e mantendo o mesmo grau de eficiência.

O tratamento biológico é complementado pelos Decantadores, responsáveis pela remoção mecânica do lodo e escumas.

A ETE Mário Araldo Candello conta ainda com outras duas Lagoas de Retenção, para serem usadas,  em caso de necessidade, na remoção mecânica do lodo. No futuro, poderão ser utilizadas também para ampliar a vazão de tratamento.

Para injetar ar comprimido nas lagoas, o sistema de aeração conta com a Casa dos Sopradores, equipada com sete sopradores completos.

Após o tratamento, outra Calha Parshall (2) irá medir a vazão de saída de esgoto tratado, antes de seu lançamento no Rio Jundiaí.

A ETE Mário Araldo Candello conta ainda com um sistema de desidratação de lodo  omposto  por dois Adensadores, Tanque de Armazenagem de Lodo, Casa de Desidratação e ampla área ajardinada.

Além de uma ponte de acesso para travessia do Córrego do Barnabé, fazem parte das instalações a portaria, um sofisticado Laboratório de análises de efluentes, dotado de auditório com 50 lugares, Estação de Tratamento de Água de Reuso, Reservatório Elevado, e Subestação de Energia.